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    • 李金辉

    生物信息分析/生信软件开发/生物数据库开发

    宏基因组/组装算法/蛋白结构预测

    基本信息

    • 李金辉 / 男 / 27岁
    • R/Python/PHP/MySQL

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    教育经历

    • 圣路易斯大学 - 博士

      在与Dr. Dapeng Zhang的合作下，开始新的课题。

    • 广西大学 - 生物工程专业（硕士）

      - 研究方向为微生物信息学工具、生物数据库的开发和人工智能预测模型在微生物学研究中的应用。

      - 专业排名 1/40，期间发表国际会议英文摘要2篇，国际SCI期刊文章5篇（其中第一作者2篇），获研究生国家奖学金、广西大学优秀学生，广西大学优秀毕业生等荣誉。

    • 河南师范大学 - 水族科学与技术专业（本科）

      专业排名 20/60，在读期间，在复凝聚法制备海洋药物领域参与研究，联合发表国内核心期刊文章2篇，SCI一篇。

    工作经历

    • 华大集团华大智造测序仪研发中心

      • 职位：生物信息助理研究员

      • PFI微生物快速识别与组装溯源系统的开发、维护，生物信息工作站OS维护。

      • HER2(ERBB2)人表皮因子突变——肿瘤拷贝数变异检测工具开发。基于标品样本中内参区域与目标区域测序信息计算拷贝数。

      • DNA多重PCR甲基化项目

    • 北京嘉宝仁合医疗科技有限公司

      • 职位：生物信息工程师
      • 深度参与辅助生殖中胚胎植入前遗传学诊断与筛查项目（PGS、PGD、PGT-A、PGT-M）中罕见病课题的数据分析、生物信息流程的迭代和云平台的部分开发工作，独立承担并完成滑窗测试等功能点的开发，维护并修复携带者筛查项目中分析工具包（GATK4、else）的辅助工具等。 使用公众号接口，搭建多个生物信息分析流程。 利用数据结构算法和滑窗优化SNP检测等算法。
      • 推进生物信息分析流程上云，升级流程，利用nextflow推进标准化。此外，打包流程代码远程单机部署。
      • 负责DNA甲基化项目生信流程的开发工作， 给实验部门提供个性化分析服务，提供端粒等统计信息，推进试管婴儿项目中胚胎染色体变异和肿瘤相关性项目的研究。

    个人项目

    • [项目1]基于机器学习构建微生物组学预测模型
      省部级研究生创新项目 主持

      • [目标]基于微生物物种丰度，使用 随机森林、支持向量机和逻辑回归等机器学习技术构建宿主性状预测模型。利用宏基因组探究碳氮循环在红树林生态环境中的代谢与流动。
        [贡献]完成从 “调研-设计-实现-论文撰写-投稿”等工作，主要负责预测模型的探索、开发及分析流程、元数据及源数据的清洗、管理等方案的设计以及开发等工作
        [效果]完成结题（2022.4） 项目号：YCSW2021064.投稿中。

    • [项目2]MicrobioSee多组学可视化工具的开发 SCI 已发表 目前在推进MicrobioSee2.0客户端版本的开发。详情点击MicrobioSee2.(2024)

      • 技术栈：HTML 5+D3.js+ECharts+MySQL+R+Python+Shiny
      • 访问：https://microbiosee.gxu.edu.cn
      • [目标]实现微生物多组学研究的可视化展示、数据透视及常规分析
        [贡献]负责项目整体的结构设计、开发、调试、文章撰写与投稿。 R 和 Python 进行数据的图形化展示以及实现在线交互可视化的功能
        [效果]已发表在国际知名学术期刊Frontiers in Genetics（第一作者）。

    • [项目3]硫循环基因数据库工具的开发 投稿中

      • 技术栈：HTML 5+D3.js+MySQL+R+Python
      • 访问：https://smdb.gxu.edu.cn/
      • [目标]整合多个数据库中硫代谢相关的基因及其信息，提供一个硫代谢研究的专业型数据库。
        [贡献]负责数据库与网站的设计、开发、调试。构建了MySQL数据库用于数据存储与网页的访问；此外，利用 PHP 和 Python组合脚本提供了基础的Blast功能。
        [效果] Under Review。

    • [项目4]科研社区搭建 Archive

      • 技术栈：HTML 5+VUE+DJango+MySQL+Python+PHP
      • 访问：https://flybirdsci.com
      • [目标]提供学术文献的在线传递和交流社区。
        [贡献]发起人，负责项目整体的结构设计、开发、调试和宣传。
        [效果]累计访问量达20万次。已归档此项目。

    出版/著作

  • 1. Jinhui Li, Yimeng Sang, Sen Zeng, Shuming Mo, Zufan Zhang, Sheng He, Xinying Li, Guijiao Su, Jianping Liao, and Chengjian Jiang. MicrobioSee: a web-based visualization toolkit for multi-omics of microbiology. Frontiers in Genetics. 2022. 13: 853612. DOI: 10.3389/fgene.2022.853612. ( IF: 4.772).
  • 2. Mo, Shuming†, Jinhui Li†, Bin Li, Muhammad Kashif, Shiqing Nie, Jianping Liao, Guijiao Su, Qiong Jiang, Bing Yan, and Chengjian Jiang. 2021. "L-Cysteine Synthase Enhanced Sulfide Biotransformation in Subtropical Marine Mangrove Sediments as Revealed by Metagenomics Analysis" Water 13, no. 21: 3053. DOI:10.3390/w13213053 (IF: 3.53.共一).
  • 3. Mo, Shuming, Sheng He, Yimeng Sang, Jinhui Li, Muhammad Kashif, Zufan Zhang, Guijiao Su, and Chengjian Jiang. "Integration of Microbial Transformation Mechanism of Polyphosphate Accumulation and Sulfur Cycle in Subtropical Marine Mangrove Ecosystems with Spartina alterniflora Invasion." Microbial Ecology (2022). DOI: 10.1007/s00248-022-01979-w. (IF: 4.552).
  • 4. Zufan Zhang, Shiqing Nie, Yimeng Sang, Jinhui Li, et al. Effects of Spartina alterniflora invasion on nitrogen fixation and phosphorus solubilization in a subtropical marine mangrove ecosystem. Microbiology Spectrum. DOI: 10.1128/spectrum.00682-21. ( IF: 9.043)
  • 5. Nie, Shiqing, Zufan Zhang, Shuming Mo, Jinhui Li, Sheng He, Muhammad Kashif, Zhengwu Liang, Peihong Shen, Bing Yan, and Chengjian Jiang. "Desulfobacterales Stimulates Nitrate Reduction in the Mangrove Ecosystem of a Subtropical Gulf." Science of The Total Environment 769 (2021): 144562. DOI: 10.1016/j.scitotenv.2020.144562. (IF: 10.753, Top 期刊).
  • 6. 李瑞,李金辉,付琴琴,等. 复凝聚法制备焦酚缓释微囊工艺优化[J]. 河南水产,2018(4):20-24.（本科阶段）
  • 7. Gao, Y. N, Dong, J., Fu, Q. Q., Wang, Y. P., Chen, C., & Li, J. H., et al. (2017) Allelopathic effects of submerged macrophytes on phytoplankton. Allelopathy Journal, 40(1), 1-22. （本科阶段）
  • 8. 王雁平, 高云霓, 陈晨, 李金辉, & 李瑞. (2016). 渔业水体有害藻类控制方法简述. 河南水产 (3), 18-21.（本科阶段）